Αντίθετα με την παραπλανητική αντίληψη ότι μεταξύ Θεολογίας και Επιστήμης υπάρχει σύγκρουση, η πάγια θέση της Ορθόδοξης Εκκλησίας είναι ότι δεν υφίσταται τέτοια αυτονόητη διαμάχη. Απεναντίας, η προαναφερόμενη τοποθέτηση συνιστά ψευδοπρόβλημα καθώς η Ορθοδοξία είναι και αυτή επιστήμη με διαφορετικό, ωστόσο, γνωστικό αντικείμενο σε σχέση με τις φυσικές επιστήμες.
Πράγματι, η Ορθόδοξη Θεολογία μπορεί να θεωρηθεί θετική επιστήμη που έχει αντικείμενο έρευνας και κάνει χρήση της επιστημονικής μεθόδου για τη μελέτη του. Συγκεκριμένα, ασχολείται με τη γνώση του Θεού (Θεογνωσία) και τη γνώση του κτιστού. Η πρώτη ορίζεται ως υπερφυσική γνώση και επιτυγχάνεται με τη σχέση του ανθρώπου με το Θεό. Η δεύτερη, που αφορά στην κατανόηση του υλικού κόσμου, ως κτίσμα και δημιουργία, είναι φυσική γνώση και κατακτάται με την επιστημονική έρευνα.
Κατά συνέπεια, γίνεται σαφές πως η σύγκρουση Ορθοδοξίας και θετικών επιστημών αποφεύγεται καθώς και οι δυο συμπορεύονται και αλληλοσυμπληρώνονται. Η Επιστήμη έχει ως έργο την κατανόηση της ουσίας και των μηχανισμών λειτουργίας των επίγειων όντων ενώ η Θεολογία αποσκοπεί στη γνώση του Θεού που είναι δημιουργός των πάντων. Σε αυτό το σημείο παρατηρείται και η στενή τους συνεργασία. Η Αγία Γραφή και το έργο των Πατέρων, που αποτελούν τους επιστήμονες της πίστης, είναι δυνατό να περιέχουν επιστημονικά λάθη, δεδομένου ότι οι φυσικές επιστήμες συνεχώς ανανεώνουν τα πορίσματά τους για την προέλευση και λειτουργία του κτιστού κόσμου. Ειδικότερα, η Θεολογία κατανοεί πλήρως το λόγο ύπαρξης των όντων και τη σχέση τους με το Θεό και αυτή η γνώση δεν περικλείει θεολογικά λάθη. Από την άλλη πλευρά, η Επιστήμη ανανεώνει τη γνώση της με βάση τα νέα πορίσματα και είναι σε συνεχή αναζήτηση της αλήθειας χωρίς, όμως, να μπορεί να δώσει σε όλα τα θέματα τελεσίδικες ερμηνείες. Αντίθετα, η Αγία Γραφή είναι αμετάβλητη στην ερμηνεία των σωτηριολογικών θεμάτων. Λόγω του ότι η μέθοδος σωτηρίας-θέωσης είναι αξιωματικά αμετάβλητη διαχρονικά, η Θεολογία γνωρίζει πλήρως τους τρόπους που ο άνθρωπος πρέπει να χρησιμοποιήσει για να ανταποκριθεί στην αγάπη του Θεού.
Γίνεται, λοιπόν, σαφές πως η αγιότητα δεν αποτελεί εμπόδιο στην επιστημονική γνώση καθώς τίποτα δεν μπορεί να αποκλείσει τη δυνατότητα να είναι κάποιος κάτοχος και των δύο επιστημονικών γνώσεων. Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελεί η Αγία Αικατερίνη που ήταν μαθηματικός τον 3ο αιώνα και πλήθος άλλοι Πατέρες της Ορθοδοξίας. Παρόλα αυτά είναι δυνατό να υπάρξει σύγκρουση Θρησκείας και Επιστήμης στις περιπτώσεις που επικρατεί η θρησκειοποιημένη ή η ιδεολογικοποιημένη πίστη. Αυτό συμβαίνει όταν η λογική δεν μπορεί να δεχθεί τις θέσεις της θρησκείας και η Ορθοδοξία δυσπιστεί στα πορίσματα της Επιστήμης. Αυτή, λοιπόν, η σύγκρουση μπορεί εκτός από δυνατή να θεωρηθεί και αναμενόμενη όταν τα πορίσματα της επιστήμης κρίνονται με μεταφυσικά κριτήρια και η διδασκαλία της πίστης προσεγγίζεται με βάση τις αρχές των φυσικών επιστημών. Στην περίπτωση αυτή, η μεν επιστήμη θεολογεί οπότε και αυτοκαταργείται, η δε πίστη μεταβάλλεται σε φυσική επιστήμη οπότε αλλοτριώνεται.
Είναι, όμως, γεγονός, πως αυτή η σύγκρουση αποτέλεσε και ιστορικό δεδομένο με γενεσιουργό αιτία την άρνηση της Δυτικής Εκκλησίας να συμπορευτεί με την Επιστήμη. Διαχρονικά, στη σχέση Θεολογίας και Επιστήμης έγιναν εκατέρωθεν τραγικά λάθη που μοιραία οδήγησαν στην απολυτότητα και την απομόνωση. Χαρακτηριστικά, η δυτική Εκκλησία επέμενε στην κατά γράμμα ερμηνεία της Αγίας Γραφής, αγνοώντας και παρακάμπτοντας την Πατερική ερμηνεία. Έτσι, αναπόφευκτα, με την εμφάνιση του Γαλιλαίου, η ρήξη ανάμεσα στις δύο πλευρές έγινε δρομολογημένη. Το συμβάν αυτό, εκτός από λυπηρό ήταν και παράλογο καθότι στη δυτική Εκκλησία, η Θεολογία αποτέλεσε την μητέρα της Επιστήμης. Από τους δυτικούς Πατέρες μέχρι τον Καρτέσιο και τον Νεύτωνα που ήταν θεολόγοι αποδείχθηκε ότι η πίστη στο Θεό συνεπάγεται την αναγνώριση λογικής στη δημιουργία που οδηγεί στη έρευνα. Στο σημείο, όμως, αυτό οι δρόμοι Δύσης και Επιστήμης χώρισαν ενώ στην Πατερική Παράδοση της Ανατολής, η Θεολογία όχι μόνο συμπορεύτηκε με την Επιστήμη αλλά ενίσχυσε την πρόοδό της. Συγκεκριμένα, η Ορθοδοξία αποδέχτηκε τη συνεργασία των δύο πεδίων με σκοπό τον εκσυγχρονισμό της Θεολογίας και τον εξηθικισμό της Επιστήμης.
Με βάση όλα τα προαναφερόμενα προκύπτει το συμπέρασμα ότι η συνάντηση Θεολογίας και Επιστήμης γίνεται περισσότερο αποδοτική όταν ο θεολόγος διαλέγεται με αληθινούς ερευνητές και ο επιστήμονας συνεργάζεται με άξιους συνεχιστές των Πατέρων και όχι με φονταμενταλιστές. Αυτό σημαίνει ότι για τη δημιουργική σύγκλιση και συνεργασία Πίστης και Επιστήμης απαιτείται κοινή γλώσσα, δηλαδή να υπάρχει μια συμφωνία στο τι συνιστά γνώση και αλήθεια ώστε να καταλήξουν σε μια κοινή κοσμολογία. Αυτό είναι εφικτό εφόσον και οι δύο πλευρές κατανοήσουν ότι δεν έρχονται σε σύγκρουση γιατί δίνουν απάντηση σε διαφορετικά ερωτήματα: η επιστήμη απαντά στο πώς και η θρησκεία στο γιατί.